Ergenekon Davası kapsamında 22 Şubat 2008 tarihinde gözaltına alınan ve CMK'nın 250. maddesiyle görevlendirilen Özel Yetkili Mahkemelerin kaldırılmasına ilişkin 15 Mart 2010'da AİHM'ye başvuruda bulunan Karabulut, başvurusunu geri çektiğini bildirir dilekçeyi, AİHM Başkanı Dean Spielmann'a gönderdi. Özel Yetkili Mahkemelerin kaldırılmasına ilişkin açtığı davanın AİHM'de siyasi nedenlerle gündeme getirilmediğini savunan Karabulut, dilekçesinde şu ifadelere yer verdi: "Türkiye'de Özel Yetkili Mahkemeler özellikle adil yargılama hakkının önünde engel teşkil ettiği için kapatıldı. Fakat mahkemeniz, açtığım davaya ilişkin karar vermeyerek, Ergenekon adı ile anılan davaların adil olduğunu teyit ederek, Türkiye'de olanları Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin 15. maddesinin 3. fırkası kapsamında olduğunu da görmemiştir. Şikayetçi olduğum yargılamaya ilişkin ise bugün Türkiye'de, Türkiye Cumhuriyeti Başbakanı dahil yargıda kumpas kurulduğuna kanaat getirmiştir. AİHM ise hala davaların adil olup olmadığına karar verecektir. Adaletiniz gecikmiş, vereceğiniz kararın ise hiçbir hükmü kalmamıştır. Bu nedenle başkanı olduğunuz AHİM'yi insan haklarını koruyamadığı için kınıyor ve davalara siyasi baktığınız anlaşıldığı için ilgili başvurumu geri çekiyorum." Milliyet