Cumhuriyet Vakfı Yönetim Kurulu üyelerinden avukat Mustafa Kemal Güngör,  31 Ekim 2016 tarihinde Cumhuriyet gazetesinin yazar ve yöneticilerine yönelik bir soruşturma kapsamında İstanbul’da gözaltına alındı. 5 Kasım'da tutuklandı. 

Suçlama diğer Cumhuriyet yöneticileri gibi aynıydı: Terör örgütüne üye olmamakla birlikte yardım ve görevi kötüye kullanmak. 

Cumhuriyet gazetesinin yayın politikasında yapılan değişiklikler bile suçlama konusu oldu. 

24 Temmuz günü İstanbul 27. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen davanın ilk duruşmasında Güngör, “Görünen o ki baştan karar vermişler bizi suçlamaya, tutuklamaya, hakkımızda dava açmaya, bize eziyet etmeye”  demişti. Güngör, bu sözünü bütün süreç boyunca tekrarladı. 

FETÖ üyeliğinden yargılanan savcı Murat İnam'ın hazırladığı soruşturma dosyasına göre hazırlanan iddianame için Güngör'ün "Bizi FETÖ’ye yardım etmekle suçluyor ve bizler 9 aydır tutukluyuz. Komik değil mi?” sözleri Türkiye'deki adalet sistemine dair de çok şey söylüyordu. 

Güngör Silivri Cezaevi'nde geçirdiği 9 ay sonunda tahliye edildi. Tutuksuz yargılandığı davanın sonuçlanmasının ardından ise yeniden cezaevine girdi. Bu kez adres Kandıra Cezaevi'ydi. Zira 5 yılın altında aldığı ceza istinaf mahkemesi tarafından onanmış, ceza kesinleşmişti. Çıkarılan bir kanun nedeniyle karar temyiz edilemiyordu.

Kandıra'da geçen 4,5 ayın ardından Yargıtay 16. Ağır Ceza Mahkemesi'nin verdiği kararla tahliye edildi.

Toplamda 13.5 ay cezaevinde kalan Mustafa Kemal Güngör, cezaevinde kaldığı günleri T24'e anlattı. 

Gezi, Sözcü, ÇHD'li avukatlar davasını, pek çok siyasetçi ve belediye başkanının yargılandığı davaları 'hukuka aykırı' davalar olarak niteleyen Güngör; "iktidarın yargı üzerindeki gölgesinin kalkması için köklü bir anayasa değişikliğine ihtiyaç var" dedi. 

'Artık cezaevlerinde duruşma öncesinde takım elbise kiralanıyor!' 'Artık cezaevlerinde duruşma öncesinde takım elbise kiralanıyor!'

Mustafa Kemal Güngör, 13.5 ay boyunca özgürlüklerinden, hayatlarından çalındığını belirterek "Bizler hukukun üstünlüğüne göre değil, üstünlerin hukukuna göre yargılandık" diye konuştu.