AKP iktidarının ilk yıllarında TÜBİTAK kadroları değiştirildi. Kurumun kadroları 17-25 Aralık yolsuzluk operasyonlarının ardından bir de “paralel” gerekçesiyle yeniden değiştirildi.

Ergenekon ve Balyoz davalarında TÜBİTAK’tan atanan bazı bilirkişiler tepki çekmişti. Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan’ın kriptolu telefonlarının dinlenmesinde şifrelerin TÜBİTAK’tan sızdığı iddia edilmiş, bu nedenle görevden almalar gerçekleşmişti.